(同治元年（1862年）1月31日，曾国藩奉旨任两江总督协办大学士，曾国荃补授浙江按察使，左宗棠补授为浙江巡抚，督办军务。对这次的嘉赏，曾国藩没有任何喜悦，对这些荣誉，他已经没有那么在乎了，因为，支持他、欣赏他的那个人永远走了，肃顺无数次在咸丰帝那里肯定以曾国藩为首的这帮汉人，曾国藩本想在剿灭太平天国，进京后，再好好表示感谢，可是，没有机会了，这次，他甚至连送行的机会都没有。来安庆已经快半年了，曾国藩不再关心与太平军的缠斗，太平天国那些劲敌的名字，一个一个被从他的战略名单中划去。他把重心放在了他创办的内军械所，这笔启动资金，还是来自于肃顺跟朝廷的极力争取。如果说写日记是曾国藩最大的爱好，那么造船，就可以排第二。在江西跟陈启迈的矛盾，一部分就因为造船。他认为林则徐鸦片战争的战败，最重要的原因，是因为没有高科技的战船，没有战船，就打造不出强大的水师，所以每次外国人从沿海进攻，清军永远吃亏，这个事情就成了他一直以来的执念。对于这个领域，曾国藩很陌生，虽然他博览全书，但是造船这个技术，中国史料上的确很少，虽然明代曾经在朱二老板的大力支持下，也造出过让世人人瞩目的大船，但是图纸都失传了。英国人也不可能把图纸和技术卖给我们，没有技术怎么办？这么大的国土，这么多的人口，找几个造船的人才很难吗？还真难，封建王朝没有经历过工业革命，从制船和枪炮还停留在纯手工阶段，而且清王朝在洋务运动之前，从未想过在技术上要跟国外学习交流，还一直沉浸在过去祖辈的荣耀和光环的骄傲里。曾国藩很清醒，如果真有这波人吹嘘的这么厉害，跟外国人一次次战败的屈辱，就不会深深的刺痛自己的心了。年过半百，不比当年。但是他并没有因为造船是从零开始，也没有因为这个领域是空白而灰心。他找到了精通数学和制造的徐寿、华蘅芳，鼓励他们两人在内军械所组织人试造轮船。徐寿（1818年2月26日—1884年9月24日），字生元，号雪村，江苏无锡人，清末著名科学家，中国近代化学的启蒙者，中国近代造船工业的先驱。[1]清咸丰六年（1856年）前后来到上海。入曾国藩幕，与华蘅芳等人进安庆内军械所，制造出中国第一台蒸汽机。同时设计、制造轮船。同治四年（1865年）试制成功以蒸汽为动力的木质轮船——“黄鹄”号，同治七年在上海江南制造总局造出中国第一艘机器轮船，名震朝野，闻名海内外，成为中国近代造船工业的先驱。在上海首先建立化学工业，翻译和撰写军火生产技术的书籍和文章，并亲自参加军火生产实践，从事黑火药及其改良剂型——栗色火药的生产技术的指导工作，试制硝棉无烟火药和作为引爆药的雷汞。清同治十三年（1874年）在江南制造总局火药厂，成功地采用铅室法研制出生产无烟火药的主要化工原料硫酸和硝酸。徐寿以对中国化学工业的探索和实践，被誉为“近代的化学之父”。光绪二年（1876年）编辑出版中国早期专门介绍自然科学的综合期刊《格致汇编》，传播科技知识。格致书院和《格致汇编》对中国近代教育文化的发展具有重大影响。徐寿一生虽先后游幕于曾国藩、李鸿章门下，颇受器重，但一直未得过高官厚禄，直到清同治十二年才任江南制造总局提调，但他的学术地位和技术才能早已名噪国内。这也是近代中国师夷之长技的一次尝试。3月，左宗棠率军由江西入浙江。5月，李鸿章率军抵上海，曾国荃率军进驻雨花台，会同彭玉麟的水师围攻天京。1863月1月7日，曾国藩最小的弟弟曾国葆暴毙雨花台军中，年仅34岁。同治元年十一月十八日丙寅，我季弟殁于金陵军中。——曾国藩《季弟事恒墓志》5月14日，石达开率领太平军兵江突破长江防线，进行他人生中最后一战，也是太平军曾经的“战神”败亡之战。当石达开部队抵达大渡河畔时，对岸没有清兵把手，老谋深算的石达开还是很谨慎，先派遣小队渡河侦查敌情，晚上又将其撤了回来。按达开初到大渡河边，北岸实尚无官兵，而骆文忠公(骆秉章)奏疏谓唐友耕一军已驻北岸，似为将十请奖张本，不得不声明防河得力，因稍移数日以迁就之，当时外省军报大都如此。——薛福成《书剧寇石达开就擒式》此时，时任四川总兵唐友耕（从太平军叛逃投靠了清军）的所领导的振武军还在数百里之外的邛州，短时间内无法赶来增援。此外，大渡河西面的松林河对岸也没啥兵力，这对石达开而言，本是千载难逢的好机会。可是石达开错过了，因为这天他媳妇生了儿子，聪明一世，糊涂一时的战神居然在这个时候，下令全体官兵为儿子出生庆祝三天三夜。“弄璋生香，传令将士，休养三日。”结果三日不到，给儿子设庆功宴还未结束，河水暴涨，石达开已经无法带太平军渡河了，唐友耕领导的援军已经抵达北岸，部署大量火炮，准备“迎接”太平军渡河部队。没有水师掩护，又没坚固战船，石达开连续强渡三次，都以失败告终，还损失了万余兵马。石达开掉头往西，准备跨越松林河，直奔泸定。松林河守将是清军土司（少数民族官职）王应元。太平军抵达松林河后，石达开下令士兵强渡，被王应元带领的清军一顿炮轰，船只还未抵达河流中线，全部被摧毁。夜晚，石达开组建500人“敢死队”，泅水过河，试图抢占对岸阵地。王应元早有防备，派士兵沿江搜索，用长矛刺入水中，过河将士无一幸存，太平军再次失败。偷渡不成功，石达开书信王应元，希望能金钱交易放开一条生路。王应元说自己不差钱，继续炮击太平军，石达开连续渡河，都被杀得片甲不留。关键时候，太平军屯粮地马鞍山大营疏于防备，结果被建威将军岭承恩偷袭，全部粮草辎重被焚毁。马鞍山大营陷落，不但全军没了粮食，连退路也被截断，石达开军团陷入绝境。唐友耕白天在大渡河对岸火炮轰击，晚上岭承恩从太平军背后偷袭。连续很多天，搞得石达开心神不宁，坐卧不安，连战连败，太平军士气低落到极点，内部也出现动摇。王应元、岭承恩合兵一处，构成南岸清军主力，围着石达开打。此时，骆秉章害怕土司兵夺取首功，更害怕石达开会绝境中自尽，于是让曾国藩亲家，署理四川布政使的刘蓉前往大渡河，“抢夺”胜利果实。王应元、岭承恩自然不想将战功拱手相让，便连续出击，同时采取“诱降”政策。石达开决定“诈降”，乘机夺取粮食物资，补充军需，可惜，太平军多数已经没了往日斗志，“诈降”成了真降，石达开欲哭无泪。谋士曹伟人、曾仕和建议让石达开带领全军做最后一战以求绝地逢生，石达开认为大势已去，拒绝了，曹伟人投河自尽。突围不成，弹尽粮绝，石达开决心舍命保全三军将士性命，放弃抵抗，让将士摧毁渡河工具，将武器投入江中，表示诚意。6月11日，南字营都司王松林到太平军营谈判，石达开独自出城被擒，被押往成都。后清军夜袭大树堡太平军残部，除三百老幼存活外，一千多人全部被杀。其中，石部三千人被王松林收编，剩余两千人保留武器，驻扎大树堡。后来，两千人中有七百人过河，遣散或被杀。同治二年（1863年）6月27日，石达开在成都接受骆秉章审判。石达开仰头迎向生命中最后一缕阳光，从容不迫，神色安然的后走向刑场被凌迟英勇就义，享年32岁，大平天国一代名将陨落。历史上很多的英雄，即使英武神勇，力挽狂澜，但是由于站错了队伍，终成了历史的遗憾，古今多少英雄，又何尝不是如此？石达开死后，洪秀全命令各地太平军回援天京，做最后的挣扎，太平军集结二十万人兵力，十月起大战湘军四十多天，未能取胜。在徐寿、华蘅芳等人的努力下，克服重重困难，船依旧没有造出来，但是造出了中国第一台“蒸汽机”。同治三年（1864年）正月，曾国藩帅大军攻克钟山，合围天京。2月28日，湘军攻占了紫金山巅的天保城，曾国荃的吉字营进驻太平门、神策门外，曾国葆进驻雨花台，完成对天京的合围。4月开始，曾国荃的吉字营在朝阳、神策、金川门外挖掘地道十余处，准备轰塌城墙，太平军一面组织力量从城内对挖，进行破坏，一面构筑月城，以便城墙轰塌后继续组织对抗。6月1日，天王洪秀全病逝（一说自杀），终年50岁。此后，天京人心愈加不稳。幼天王洪天贵福即位，一切军政事务统归忠王李秀成执掌。7月3日，湘军攻占天京城外最后一个据点地保城，从而能够居高临下，监视城内动静。湘军在龙脖子山麓修筑炮台数十座，对城内日夜轰击，压制太平军的炮火，掩护挖掘地道，在龙脖子山麓与城墙间大量填塞芦苇、蒿草，上覆沙土，高与城齐，为攻城铺平道路。半个月后，湘军攻城准备基本完成。于7月18日深夜，李秀成派千余人伪装湘军冲出城，想破坏太平门附近的地道，结果被湘军识破，只得退回城内。7月19日，湘军担任主攻任务的吉字营齐集太平门外用地雷轰塌城墙后蜂拥而入。太平军纷纷以枪炮还击，用大桶火药泼洒，造成字营齐重大杀伤，但仍旧没能挡住湘军的攻势。与此同时，湘军水师彭玉麟率各营会同陆师夺取了水西、旱西两门，傍晚前后，天京全城各门均为湘军夺占。几天后，曾国荃带着满腔的怒火领湘军攻破天京，他再次下令：进城后不封刀。他要用天京城的鲜血祭奠死去的哥哥和弟弟，吉字营对无辜平民展开屠杀与抢掠，南京城被烧毁，平民死伤无数。彭玉麟见状，十分愤慨，试图阻止吉字营的残暴行为。曾国荃淡淡的对他说：雪帅，当太平军破城时，谁同情过你我的弟兄？他们杀我们的时候更加残暴、残忍。我们憋屈了这么多年，今天就是来讨债的。彭玉麟不甘示弱回答道：九帅，长毛滥杀无辜，我们也这样，那我们跟他们又有什么区别？手无寸铁的百姓呢，你都杀？曾国荃没有回避：这些是什么百姓？我们攻城时是他们对着兄弟们浇油、丢火把、扔石头，现在被我们打败、抓到了，你说他们是民，以后他们依旧会对我们拿起武器，他们仍旧是贼啊。雪帅，你别忘记了，我们是朝廷的兵，他们是反朝廷的贼，罪该万死。曾国荃大喊：杀。曾国荃曾多次屠城的残暴行为，彭玉麟无法接受，上次跪求曾国藩杀他，曾国藩说天京仍在太平军手中，要以大局为重，这次曾国荃依然执迷不悔犯下残暴罪行，看你还有什么好说的。彭玉麟再次提起笔给曾国藩写信，让他为民诛杀曾国荃。当然，曾国藩自然不会杀掉自己的亲弟弟。上次被安排到彭玉麟身边的柳寿田自恃是曾国藩、曾国荃两人的亲信，擅作主张的将彭玉麟致信曾国藩请求诛杀九帅的事情告诉了曾国荃。这样一来，“九帅”和“雪帅”的矛盾便被公开化了。彭玉麟知道信件被泄露后，直接对柳寿田撤职查办，并亲手割去了柳寿田的一只耳朵后把他拘禁在营牢中，不让他跟曾国荃求救。天京的陷落，标志着太平天国革命的失败。天京这场战斗历时3年，几十万太平军最终全军覆没，原因是多方面的。从战略上说，天京失陷是太平天国领导人奉行消极防御战略思想的必然结果。天京刚被围时，洪秀全虽然提出过西袭湖北计划，但李秀成执行不力，没能达到预期目的，最后还是困守孤城。等到湘军完成合围时，洪秀全仍然拒绝李秀成“让城别走”（弃城而走）的建议，致使错过了撤出天京以图再举的最后机会，从作战指挥上看，前敌诸将协同不够，没有形成集中统一的领导，仍然是各行其是。所有这些，都和太天国后期政治日趋保守和腐败息息相关，最后的失败是难以避免的。李秀成于19日晨自太平门败退后，即回到天王府，独带幼天王，由数千文武护送，奔向旱西门，企图由此突围出城，结果为湘军陈湜部所阻，只得转上清凉山。夜里，折回太平门，伪装湘军由缺口冲出，向孝陵卫方向突围。不久，李秀成与幼天王失散，便分道奔逃。三天后，李秀成在方山附近被俘。曾国荃、彭玉麟用囚笼押送李秀成回到曾国藩府上。彭玉麟要求见曾国藩。进去的第一件事就是请求诛杀曾国荃：涤帅，沅甫该杀。曾国藩正拿着放大镜仔细查看徐寿送过来造船的设计图纸，他很关心，跟英帝国的差距究竟在哪里。他抬头看了彭玉麟一眼，继续看图纸：雪琴，你看看，生元送来这次设计的水师战船的图纸，画的多细致，他看得懂英国人写的书，以后如果能得到英国人造船的图纸，我们的船差距也不会很远。我一直认为，这战船啊，不是要符合我心意，而是要符合你心意，因为这水师是你在指挥啊。一身正气的彭玉麟象征性的看了一眼造船的图纸，他依旧不依不饶：涤帅，上次您说劝说九帅不再滥杀无辜，可这次他依然不听劝告，又在天京屠城。作为清廷的重臣，就必须维护统治者的利益，曾国藩必须心如铁石、冷酷无情，这就是战争。仁不带兵、义不行贾。他认为，不管用什么手段，弟弟已经攻下太平天国里最难攻克的天京城，目标就已经达成。曾国藩把放大镜按压在造船图纸上：雪琴，这湘军，是我在指挥，这次攻下天京城，符合我的心意。自温甫、季洪为国捐躯后，我思索着曾家兄弟四人这些年的不易，之前是澄侯（曾国潢）一直在家照顾双亲，父亲去世后他就在家务农，现在我身边就仅剩沅甫了，我琢磨啊，不能再让他也有什么意外。但是你这次依旧觉得他犯了军法军规，甚至重罪，完全可以上奏朝廷，按清律法办处置。曾国藩用手指敲了敲桌子：另外我听说柳寿田耳朵被割，不知是否真有此事？雪琴是于公？还是于私？如果他有错也该依法处置，按照军规军法的程序上报了没有？擅自用私刑恐怕以后也难以服众。曾国藩一边说一边把自己腰间的短刀取下来，丢在彭玉麟面前，盯着彭玉麟的眼睛，冷冷的说道：如果雪帅仍然觉得我曾某对国家不忠，对朝廷不义，现在可以杀我。彭玉麟一惊，浑身冒汗跪在地上。曾国藩当年都自杀了好几次，打仗也从来都是深入虎穴，从不怕死，这丢刀给我，看来是要跟我玩命了。彭玉麟用颤抖的声音说：涤帅，是学生过分了，从我步入军营，少不了您的栽培，我的每一步，都是您亲手提挈，这些年来你就是我的恩师，如同父母。我一直心怀感恩，对于沅甫的行为，我实在是缺乏大局意识，一时糊涂，往后学生定不敢再提此事。柳寿田之事，是我公报私仇，滥用私刑，违反军规军法，请恩师从重处置，学生认罚。曾国藩扶他起来，你跟随我多年，战功显赫却虚怀若谷，一不要钱，二不要官，三甚至不要命，只要公道，湘军将领里面，没有几个人能够做到这样，我也一直要沅甫以你为榜样，多向你学习，他总是喜欢自以为是，毫不虚心。雪琴，人无完人，金，也没有足赤啊。彭玉麟拜谢后与曾国藩告辞，刚出门不久，曾国荃冲进来了。他喜形于色：哥，这次攻破天京城很顺利，长毛余孽的首领李秀成也被我吉字营的人给抓住，今天给带回来了，也算给六哥、满弟一个交代。但是雪帅就太过分了啊，他把柳寿田的耳朵给割了，还把他扣在军营里，后来我才知道的，要不是我派人把柳寿田给弄出来，还不知道会怎样。雪帅这王八蛋居然给你写信要你杀我，哥，你这都没有告诉我啊。曾国藩很冷静：“九弟，你就没有一点反省之心？”我？我反省什么？我六哥、满弟为了国家献身，还没来得及安享幸福，人就没了，我扑汤蹈火、攻城略地。哥，您说我们这曾家这么辛苦，抛头颅洒热血，为的是什么？光宗耀祖？扬名立万？还是一家人能够幸福生活？我吉字营这次没有一个怕死，冲进敌营无所畏惧。我们缺军饷的时候，谁同情过我们？肃大人？好，同情我们的，死的早，除了他还有谁？打败仗的时候，那些人谁不是对我们冷眼、挖苦、嘲笑？以我们湘军现在的战斗力，放在整个天下有谁不服？天下无敌啊。曾国荃低头看了一眼地上的腰刀：哥，这刀怎么回事？难道雪琴那王八蛋图谋不轨？让我去宰了他。曾国荃向门外冲去。你冷静一下。曾国藩缓缓的说：你就知道头功，头功，永远不知道自己的问题在哪里，功劳越大，危险就越大。功劳再大点，你人头就保不住了。这次回北京后，不许再去邀功请赏，好好反省、检讨自己，没事多去看看历史，多少功臣为了立功把人头都立没了。还有，不要说什么湘军天下无敌，你知不知道大沽炮台怎么丢的？你知不知道什么是阿姆斯特朗线膛炮？不好好读书，不关心国家大事，井底之蛙。哥，可是……够了，不要再说了。曾国藩静了静气：从这条门出去后，不许再对雪琴有什么误会，过去的事情，今天就到此为止。历史从来不分对错，只论成败，每段历史都有它的特定性或者唯一性。有时候站在上帝视角去评判它时，我们会觉得如果不那样历史就能够改写，但是历史没有如果，你是那个主角，在错综复杂因素的合力和环境下，你能做的，也会是同样的选择。曾国藩决定亲自提审李秀成，李秀成在狱中10天写下60000字的自述，追述自己的经历和太平天国的历史。8月7日，曾国藩下令处死李秀成。同月，朝廷加曾国藩太子太保、一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。9月，曾国藩为了避免功高盖主，消除朝廷疑虑，上奏主动要求裁撤湘军25000人，获准。 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