1924年7月21日，厄瓜多尔和秘鲁签署了庞塞-卡斯特罗奥扬古伦议定书，双方同意进行直接谈判，以公平的方式解决争端，并将争端的不同点提交美国仲裁。之间的谈判厄瓜多尔和秘鲁代表于1935年9月30日在华盛顿开始谈判。这些谈判漫长而令人厌烦。双方都顺理成章地陈述了自己的论点，但似乎没有人放弃自己的主张。然后在1937年2月6日，厄瓜多尔提出了一项被秘鲁拒绝的交易额度第二天。在接下来的7个月里，谈判变成了激烈的争论，最终在1937年9月29日，秘鲁代表决定中断谈判而不将争端提交仲裁，因为直接谈判无处可去。

四年后的1941年，在扎鲁米拉河(ZarumillaRiver)周围有争议的领土内紧张局势迅速加剧的情况下，与秘鲁爆发了战争。秘鲁声称厄瓜多尔在秘鲁宣称拥有主权的领土上的军事存在是一种入侵；厄瓜多尔则声称，秘鲁最近在Zarumilla河和秘鲁自厄瓜多尔从西班牙独立以来，系统地占领了Tumbez、Jaen以及Putomayo和Marañon河之间的亚马逊盆地的大部分有争议的领土。1941年7月，两国都动员了军队。秘鲁有一支11,681人的军队2,300人的厄瓜多尔部队补给不足且武装不足，其中只有1,300人部署在南部省份。1941年7月5日爆发了敌对行动，当时秘鲁军队在几个地点越过Zarumilla河，考验了厄瓜多尔边境部队。最后，在1941年7月23日，秘鲁人发动了大规模入侵，强行渡过Zarumilla河并挺进厄瓜多尔的ElOro省。

厄秘鲁战争期间，秘鲁控制了部分争议领土、埃尔奥罗省部分地区和洛哈省部分地区，要求厄瓜多尔政府放弃领土要求。秘鲁海军封锁了瓜亚基尔港，几乎切断了厄瓜多尔军队的所有补给。经过几周的战争，在美国和几个拉丁美洲国家的压力下，所有的战斗都停止了。厄瓜多尔和秘鲁达成了一项在里约议定书中正式确定的协议，1942年1月29日签署，支持半球统一反对二战中的轴心国，有利于秘鲁及其在战争结束时占领的领土。

1944年的光荣五月革命是在军民叛乱和随后的公民罢工之后发生的，罢工成功地将卡洛斯·阿罗约·德尔里奥从厄瓜多尔政府中赶下台。然而，第二次世界大战后的经济衰退和民众动荡导致民粹主义政治和国内政治回归1960年代的军事干预，而外国公司则在厄瓜多尔亚马逊开发石油资源。1972年，安第斯管道建成。这条管道将石油从安第斯山脉东侧输送到海岸，使厄瓜多尔成为南美第二大石油出口国。然而，厄瓜多尔南部的管道并没有解决厄瓜多尔和秘鲁之间的紧张局势。

《里约议定书》未能准确解决厄瓜多尔南部偏远的科迪勒拉德尔康多地区一条小河沿线的边界问题。这引起了厄瓜多尔和秘鲁之间酝酿已久的争端，最终导致了两国之间的战斗；首先是1月至2月的边界冲突1981年被称为Paquisha事件，最终在1995年1月爆发了全面战争，厄瓜多尔军队击落了秘鲁飞机和直升机，秘鲁步兵进军厄瓜多尔南部。每个国家都将敌对行动的发生归咎于对方，这就是众所周知的塞内帕战争。厄瓜多尔总统西斯托·杜兰·巴伦(SixtoDuránBallén)曾著名地宣称，他不会放弃厄瓜多尔的一厘米。厄瓜多尔的民众情绪变得强烈反对秘鲁：在基多的墙上可以看到涂鸦，称秘鲁为“拉丁美洲的该隐”，在创世记中提到亚伯被他的兄弟该隐谋杀。